El proyecto es una extensión del Proyecto Arqueología Marítima de la Guerra de Intervención, pero incorpora de manera transdisciplinaria perspectivas, preguntas y métodos de antropología de la salud y de ciencias del mar.
Se exploran cinco problemas principales de investigación: 1) El estudio detallado de un importante barco de esta guerra, el USS Somers, su sitio de naufragio, impacto en el conflicto, construcción naval y las tecnologías de ingeniería náutica asociadas, así como su hundimiento en acción de guerra. 2) La exploración de una serie de fortificaciones costeras y fluviales como parte de las estrategias defensivas mexicanas. 3) El estudio de estrategias militares de conquista o resistencia, con el resultado asociado de varios sitios de naufragios detectados en investigación documental (los cuales se buscarán en campo), y el análisis de los movimientos de barcos, flotas y sus combates en el paisaje marítimo. 4) Las condiciones de salud-enfermedad a bordo de varios buques participantes en el conflicto y sus consecuencias a la luz de la guerra náutica y la supervivencia. 5) Caracterización sedimentaria y biológica de los sitios de naufragio para comprender tanto los procesos de formación de esos pecios como la naturaleza de una variedad de naufragios en su calidad de arrecifes artificiales, y determinación de la conectividad biológica en comunidades bentónicas e ictiológicas asociadas a esos naufragios.
La arqueología marítima se complementa con historia marítima, ciencias navales, y cartografía histórica, así como con arqueología del conflicto y arqueología del “maritorio”. La antropología médica implica estudios de salud-enfermedad, nutrición y conductas asociadas con el concepto de bioarqueología del cuidado. Estos aspectos están presentes en documentos procedentes de archivos históricos y están relacionados con barcos y tripulaciones participantes en la guerra. Por lo tanto, se desarrolla un programa de investigación histórica y bioarqueología marítima. Las ciencias del mar contribuyen en las caracterizaciones sedimentarias y biológicas de naufragios pertenecientes a la guerra, fundamentales para comprender el proceso de formación de sitios arqueológicos sumergidos, así como sus procesos de degradación. En las condiciones adecuadas, un naufragio se convierte en un arrecife artificial y el estudio de sus procesos sedimentarios y entorno biológico puede revelar datos útiles sobre la creación y conservación de la vida arrecifal, tema que es abordado por la investigación. Asimismo, un componente importante proviene de la geofísica marina, que se implementará en la prospección sistemática de lechos marinos y ribereños para localizar naufragios asociados a la guerra y previamente detectados en archivos históricos.